Der Hamburger Bildungsplan für die Sekundarstufe I des Gymnasiums sieht für das Fach Chemie in den Klassen 8, 9 und 10 einen wöchentlichen zweistündigen Unterricht vor. Im Rahmen der gegebenen Möglichkeiten wird großer Wert auf selbstständiges praktisches Arbeiten der Schüler/innen gelegt. Dabei werden Praktika und kurze Präsentationen der Schüler/innen in den Unterricht integriert und besonders berücksichtigt.

In der Oberstufe werden vierstündige Kurse auf grundlegendem und erhöhtem Niveau angeboten. Die Kurse finden gemeinsam mit Schülern/innen des Gymnasiums Hochrad statt, wobei der jeweilige Kurs je nach Anzahl der Schüler/innen alternierend am Gymnasium Hochrad und mal am Gymnasium Othmarschen durchgeführt wird. Die Kursthemen wechseln alle zwei bis drei Jahre auf Grund des Zentralabiturs im Fach Chemie. Zur Zeit werden die Themen Zucker (1.Semester); Kunststoffe (2.Semester); Batterien (3.Semester) und Arzneimittel (4.Semester) unterrichtet.

Die Grundlagen für den Chemie-Unterricht werden bereits im Fach Natur und Technik in den Klassen 5 und 6 gelegt. Hier werden das Experimentieren und das Protokollieren geübt. Außerdem werden in den Themenbereichen kleine Unterrichtseinheiten aus der Chemie bearbeitet.

In der 8., 9. und 10. Klasse besteht die Möglichkeit im Wahlbereich der Mittelstufe das Naturwissenschaftliche Praktikum zu absolvieren, wo auch viele Themen aus der Chemie erarbeitet werden.

Im Bereich der Wettbewerbe bietet die Chemie die Teilnahme an NATEX an. Hier können auf Landesebene (Hamburg) Experimente in mehreren Wettbewerbsrunden durchgeführt werden und Qualifikationen erworben werden, die dann auch die Teilnahme an anderen Wettbewerben möglich machen.